Nie jest znana żadna szkoła początkowa w okolicy Dubinek, która byłaby starsza niż koniec XVIII w.
W 1777 r. w Dubinkach istniała szkoła parafialna, w której uczyło się czterech szlachciców i 10 chłopskich dzieci, a w 1781 r. - dziewięć szlachciców i dwoje dzieci chłopów. Szkoła początkowa w Dubinkach otwarta około 1860 r. Od 1921 r. w szkole początkowej w Dubinkach rozpoczęto nauczanie w języku litewskim.
W szkole ludowej z trzema klasami w Dubinkach nauka rozpoczynała się 14 listopada i kończyła się w maju. Uczniowie, którzy ukończyli trzy klasy tej szkoły, egzaminy zdawali w Inturkach, Janiszkach. W latach 1925-1926 w szkole była już także czwarta klasa. Pracowało dwóch nauczycieli. Później organizowano tu także kursy dla dorosłych, ale po kilku latach przestały one działać.
W 1949 r. szkołę początkową w Dubinkach przekształcono na siedmioletnią. W tym okresie trafiły się także trudne próby. Szkoła rozrastała się i w 1957 r. z siedmioletniej została przekształcona w szkołę średnią. Przez trzy lata szkoła wydawała w świat maturzystów, jednak wraz z zmniejszającą się liczbą uczniów starsze klasy zostały zlikwidowane. Od 1963 r. szkoła stała się ośmioletnią, która w 1966 r. przeniosła się do nowego murowanego budynku. Przy nowej szkole zbudowano internat na 80 miejsc ze stołówką na 40 osób.